C. japanensis là một loài chị em với Chlorurus sordidus. Cá đực của cả hai có chung kiểu hình là cuống và vây đuôi không cùng màu với thân[6]. Ngoài ra, cả hai loài này cũng có chung kiểu hình ở vây lưng và vây hậu môn (màu xanh lam) với Chlorurus capistratoides: cả hai vây này đều có một dải màu cam ở giữa[6].

Năm 1906, Jordan và Seale đã mô tả hai loài mới nhưng dựa trên hai kiểu hình cá đực và cá cái của C. japanensis: Callyodon abacurus (đực) và Ca. pyrrhurus (cái).